L'Assistance publique-hôpitaux de Paris, les Hospices civils de Lyon et l'Assistance publique-hôpitaux de Marseille sont dirigés par un directeur général.

Le directeur général de l'Assistance publique-hôpitaux de Paris est assisté d'un secrétaire général, qui le supplée en cas d'absence ou d'empêchement. Le directeur général des Hospices civils de Lyon et le directeur général de l'Assistance publique-hôpitaux de Marseille sont assistés par un directeur général adjoint et par un secrétaire général.

Pour l'application à l'Assistance publique-hôpitaux de Paris des dispositions de l'article L. 6143-7-5 relatives à la composition du directoire :

1° Le vice-président doyen est nommé par le directeur général, sur proposition conjointe de l'ensemble des directeurs des unités de formation et de recherche médicale des universités d'Ile-de-France ;

2° Le vice-président chargé de la recherche est nommé par le directeur général, sur proposition conjointe du président de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale, des présidents des universités d'Ile-de-France comportant une unité de formation et de recherche médicale et du vice-président doyen.

En cas d'absence de proposition conjointe dans le délai d'un mois à compter de la date à laquelle les personnes mentionnées au 1° et au 2° ont été invitées à la formuler, le directeur général procède aux nominations.

Pour l'organisation interne de l'établissement, le directeur général peut, après concertation avec le directoire :

1° Constituer un groupement d'hôpitaux placés sous une même direction ;

2° Créer des pôles autres que ceux mentionnés à l'article L. 6146-1, dénommés " pôles d'intérêt commun ".

Le directeur général peut déléguer sa signature au directeur d'un pôle d'intérêt commun, au directeur d'un groupement d'hôpitaux ainsi qu'au directeur d'un hôpital ne faisant pas partie d'un groupement.