Le président de chaque section paritaire est nommé par les ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale au titre d'une année civile parmi les représentants de l'Etat ou de l'assurance maladie. Au titre de l'année civile suivante, le président est élu parmi les représentants des professionnels de santé.

Un arrêté du ministre de la santé fixe la liste des représentants des professionnels de santé de chaque section choisis parmi les organisations syndicales les plus représentatives des professionnels de santé au sens de l'article L. 162-33 du code de la sécurité sociale. Lorsque le nombre de sièges attribués à une profession est supérieur au nombre d'organisations représentatives au sens de cet article, un siège est attribué à chaque organisation et les sièges restants sont attribués aux organisations les plus représentatives.

Toutefois, pour la section des médecins, le décompte en siège s'effectue de manière distincte entre les médecins généralistes et les autres médecins spécialistes. Pour la section des médecins, la section des chirurgiens-dentistes et la section des infirmiers, un siège est attribué à l'organisation syndicale la plus représentative de la profession parmi les salariés des centres de santé, au sens des dispositions du titre II du livre Ier de la deuxième partie du code du travail.

Les membres représentant l'Etat et l'Union nationale des caisses d'assurance maladie sont nommés par arrêté des ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale pour une durée de quatre ans. Les membres de chaque section représentant les professionnels de santé sont nommés par les ministres pour la même durée, sur proposition de leur organisation syndicale. Des suppléants peuvent être désignés dans les mêmes conditions.

Chaque membre des sections du comité paritaire dispose d'une voix. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.