Le président et les membres de la commission sont nommés, pour une durée de deux ans, renouvelable deux fois, par arrêté du ministre de la défense, à l'exception des officiers généraux de la gendarmerie nationale qui sont nommés par arrêté conjoint du ministre de la défense et du ministre de l'intérieur. Ces arrêtés sont publiés au Journal officiel de la République française.

Pour chacun des membres, à l'exception du directeur des ressources humaines du ministère de la défense, un suppléant est nommé dans les mêmes conditions.

Les membres mentionnés aux 1° et 3° de l'article R. 4125-5 ainsi que leurs suppléants sont choisis parmi les officiers généraux en position d'activité ou admis en deuxième section depuis moins de dix-huit mois. La condition de dix-huit mois n'est pas exigible en cas de renouvellement de mandat.

Un rapporteur général, un adjoint du rapporteur général et des rapporteurs, ayant accompli au moins trois ans de services effectifs, sont choisis parmi les officiers et les fonctionnaires de catégorie A. Ils sont nommés par arrêté du ministre de la défense, à l'exception des officiers de la gendarmerie nationale nommés par arrêté du ministre de la défense après avis du ministre de l'intérieur.L'adjoint du rapporteur général et les rapporteurs peuvent être des officiers de réserve sous contrat d'engagement à servir dans la réserve.

La commission dispose d'un secrétariat permanent placé sous l'autorité du président.