La fédération départementale est gérée par un conseil d'administration comprenant quinze membres représentant les associations agréées de pêche et de protection du milieu aquatique et un ou deux membres représentant l'association départementale agréée de pêcheurs amateurs aux engins et aux filets sur les eaux du domaine public lorsqu'elle existe.

Les membres du conseil d'administration de la fédération départementale sont désignés dans les conditions prévues par les articles R. 434-32-1 et R. 434-32-2, pendant le mois de mars précédant la date d'expiration des baux de pêche consentis par l'Etat sur le domaine public.