Une convention passée entre l'Etat et l'Agence de services et de paiement régit les conditions dans lesquelles l'Agence de services et de paiement verse les sommes accordées par l'Etat au titre des contrats Natura 2000.

L'Agence de services et de paiement rend compte de cette activité au ministre chargé de l'environnement et au ministre chargé de l'agriculture dans les conditions prévues à l'article R. 313-14 du code rural et de la pêche maritime , ainsi qu'au ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture.