Le comité se réunit sur convocation de son président et au moins une fois par an. Il est obligatoirement convoqué dans le mois suivant la demande du ministre chargé de l'environnement ou du ministre chargé des départements d'outre-mer. Le président arrête l'ordre du jour des travaux et fixe la date des séances.

Le secrétariat du comité est assuré par le préfet de région ou par une personne désignée par lui.

Des rapporteurs désignés par le président sont chargés de l'étude et de la présentation des affaires inscrites à l'ordre du jour. Ils sont choisis à l'intérieur ou à l'extérieur du comité.

Le président peut, en fonction de l'ordre du jour, appeler à participer à la délibération du comité, avec voix consultative, toute personne compétente dont il juge la présence utile.