La durée du mandat des membres du comité est de six années. Toutefois, le mandat de ceux qui en font partie en raison des fonctions qu'ils exercent expire de plein droit lorsqu'ils cessent d'exercer lesdites fonctions.

Tout membre désigné pour remplacer un membre du comité exerce son mandat jusqu'à l'expiration du mandat de son prédécesseur.

Le mandat des membres du comité est renouvelable.

En cas d'empêchement, un membre du comité de bassin peut donner mandat à un autre membre selon les règles fixées par le décret n° 2006-672 du 8 juin 2006 relatif à la création, à la composition et au fonctionnement de commissions administratives à caractère consultatif. Un mandat ne peut être donné qu'entre membres d'une même catégorie parmi celles énumérées à l'article L. 213-13-1. Aucun membre ne peut détenir plus de deux mandats.