En cas de mise en œuvre de l'article L. 219-12, l'autorité administrative adopte des mesures appropriées en vue d'atteindre les objectifs environnementaux, d'éviter toute nouvelle détérioration de l'état des eaux marines touchées pour les motifs prévus aux 2°, 3° ou 4° de l'article L. 219-12 et d'atténuer les incidences préjudiciables à l'échelle de la région ou de la sous-région marine concernée ou dans les eaux marines d'autres Etats membres. Ces mesures appropriées sont dans la mesure du possible intégrées dans les programmes de mesures.
Dans la situation visée au 4° de l'article L. 219-12, les modifications ou altérations ne doivent pas exclure ou empêcher, de manière définitive, la réalisation d'un bon état écologique à l'échelle de la région ou de la sous-région marine concernée.