Le ministère chargé de l'environnement finance le fonctionnement des comités, à l'exception des comités créés autour d'installations exploitées par l'Etat, dont le financement est assuré par le département ministériel chargé d'exercer la tutelle sur ces installations.

Le comité peut faire appel aux compétences d'experts reconnus, notamment pour réaliser des tierces expertises, par délibération approuvée à la majorité des membres présents ou représentés.L'intervention de l'expert est réalisée sans préjudice des dispositions prévues à l'article R. 512-6 du code de l'environnement et relatif à l'analyse critique d'éléments du dossier d'autorisation.

Le comité met régulièrement à la disposition du public un bilan de ses actions et les thèmes des prochains débats.