Sous réserve des dispositions des articles D. 422-46 à D. 422-53, les établissements d'enseignement visés à l'article D. 422-1 sont soumis au régime financier résultant des dispositions de l'article 60 de la loi n° 63-156 du 23 février 1963 de finances pour 1963, de la première partie et des articles 154 à 189 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique.

Le budget de ces établissements, qui comprend une section de fonctionnement et une section d'investissement, est établi dans la limite de leurs ressources et dans le respect de la nomenclature fixée conjointement par le ministre chargé du budget et le ministre chargé de l'éducation. Ces ressources comprennent : 1° Des subventions de l'Etat ; 2° Toute autre contribution d'une collectivité publique ; 3° Des ressources propres, notamment les dons et legs, les recettes de pension et de demi-pension, le produit de la vente des objets confectionnés dans les ateliers, de la taxe d'apprentissage, des conventions de formation professionnelle et des conventions d'occupation des logements et locaux et le produit de l'aliénation des biens propres. Les dépenses de la section de fonctionnement prévues au budget pour le service général ont notamment pour objet les activités pédagogiques et éducatives, le chauffage et l'éclairage, l'entretien des matériels et des locaux, les charges générales, la restauration et l'internat, les aides aux élèves. En outre, des services spéciaux permettent de distinguer notamment l'enseignement technique, la formation continue, les séquences éducatives, les activités périscolaires et parascolaires, les projets d'actions éducatives, les groupements de service, les sections sports-études, les transports scolaires organisés par l'établissement. Le budget des établissements comporte en annexe un état récapitulatif faisant apparaître les emplois dont ils disposent à quelque titre que ce soit. Lorsque la formation continue est gérée par un établissement support, la gestion est effectuée sous la forme d'un service à comptabilité distincte pour tous les établissements adhérents au groupement d'établissements. L'apprentissage est également géré sous forme de service à comptabilité distincte.

Le projet de budget est préparé par le chef d'établissement. Il doit être soumis au vote du conseil d'administration et adopté en équilibre réel dans le délai de trente jours suivant la notification de la subvention de l'Etat. Il est transmis à l'autorité académique dans les cinq jours suivant le vote. Il devient exécutoire dans un délai de trente jours à compter de la date de réception par l'autorité de tutelle, sauf si elle a fait connaître son désaccord motivé sur le budget. Dans ce cas ou lorsque le budget n'est pas adopté dans les trente jours suivant la notification de la subvention de l'Etat, il est réglé par l'autorité de tutelle. Le budget des établissements est transmis à l'agent comptable dès qu'il est adopté ou réglé.

Les modifications apportées au budget initial en cours d'exercice sont adoptées et deviennent exécutoires dans les mêmes conditions que le budget. Sont limitatifs les crédits inscrits aux chapitres budgétaires et, plus généralement, les crédits auxquels une disposition législative ou réglementaire a donné ce caractère. Par dérogation aux dispositions du deuxième alinéa, le chef d'établissement peut directement porter au budget les modifications suivantes : 1° Les augmentations de crédits provenant de l'encaissement de ressources liées à des activités spécifiques de l'établissement dont le montant ne peut être arrêté avec exactitude lors de l'élaboration du budget ; 2° Dans la mesure où elles n'ont pas pu faire l'objet d'une inscription au budget initial, les augmentations de crédits, suivies en ressources affectées, relatives à des recettes encaissées par l'établissement mais qui ne lui sont définitivement acquises qu'à concurrence du montant des dépenses constatées pour l'exécution des charges précisées lors du versement des fonds. Le chef d'établissement informe la commission permanente de ces modifications et en rend compte au prochain conseil d'administration. Il peut également, à charge d'en rendre compte au prochain conseil d'administration, procéder à tout virement de crédits à l'intérieur d'un chapitre. Toutes les décisions budgétaires modificatives précitées donnent lieu à l'élaboration d'un document budgétaire actualisé.

Si le budget de l'établissement n'est pas exécutoire au début de l'exercice budgétaire, les opérations de recettes et de dépenses sont effectuées temporairement sur la base des prévisions de l'exercice précédent, dans la limite des crédits ouverts et déduction faite, le cas échéant, des crédits affectés à des dépenses non renouvelables. Toutefois, en cas de nécessité, il peut être tenu compte, après accord de l'autorité de tutelle, de l'incidence de la reconduction des mesures prises dans le budget de l'exercice précédent au titre de la rentrée scolaire, pour la détermination des limites d'engagement des dépenses.

Plusieurs établissements peuvent être constitués, après accord entre eux, en un groupement comptable par décision de l'autorité de tutelle. Chacun des établissements appartenant à un groupement comptable conserve sa personnalité morale et son autonomie financière.

Un poste comptable est créé dans l'établissement siège du groupement. L'agent comptable de cet établissement, agent comptable du groupement, est chargé de la tenue de la comptabilité générale de chaque établissement membre du groupement. Lorsque le conseil d'administration d'un établissement membre d'un groupement est appelé à examiner une question relative à l'organisation financière, l'agent comptable assiste aux travaux du conseil avec voix consultative.

L'agent comptable tient la comptabilité générale dans les conditions définies par le plan comptable applicable à l'établissement, approuvé par arrêté interministériel pris après avis de l'Autorité des normes comptables. Lorsque l'agent comptable ne peut tenir lui-même la comptabilité matière, il en exerce le contrôle. Les instructions données à ce sujet au préposé doivent avoir recueilli l'accord de l'agent comptable qui demande qu'il soit procédé à l'inventaire annuel des stocks. En cas de perte, destruction ou vol des justifications remises à l'agent comptable, le chef d'établissement pourvoit à leur remplacement en établissant un certificat visé par le comptable supérieur du Trésor territorialement compétent.

Les agents comptables sont nommés par le ministre chargé de l'éducation parmi les personnels de l'administration scolaire et universitaire, conformément aux dispositions de l'article 16 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique.