L'agence gère les établissements d'enseignement situés à l'étranger, dépendant du ministère des affaires étrangères ou du ministère de la coopération et placés en gestion directe, pour lesquels elle reçoit des crédits de l'Etat permettant de couvrir les engagements qu'il assume. La liste de ces établissements est établie par arrêté conjoint du ministre chargé des finances, du ministre chargé des affaires étrangères et du ministre chargé de la coopération.