Le Centre de liaison de l'enseignement et des médias d'information est constitué en service à comptabilité distincte. Il dispose d'un budget annexe intégré dans le budget du Centre national de documentation pédagogique.

L'exécution de ce budget est assurée par le directeur du Centre de liaison de l'enseignement et des médias d'information , qui reçoit du directeur général du Centre national de documentation pédagogique la qualité d'ordonnateur.