Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an, sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour sur proposition du directeur général. Il est réuni de plein droit à la demande écrite d'un tiers de ses membres ou à celle.d'un ministre de tutelle sur les points de l'ordre du jour déterminés par eux, dans le délai d'un mois suivant la demande.
Chacun des membres du conseil d'administration peut se faire représenter par un autre membre, dans la limite de deux mandats par membre présent.
L'ordre du jour est communiqué aux membres du conseil d'administration au moins dix jours avant la réunion.
Le conseil d'administration ne peut délibérer que si la moitié au moins de ses membres sont présents ou représentés. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est convoqué à nouveau sur le même ordre du jour, dans un délai maximum de un mois ; il délibère alors quel que soit le nombre des membres présents ou représentés.
Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents ou représentés. En cas de partage, la voix du président est prépondérante.
Le directeur général de l'agence, le membre du corps du contrôle général économique et financier et l'agent comptable assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.
Le conseil d'administration entend les ministres de tutelle à leur demande.
Le président du conseil d'administration peut inviter toute personne qu'il souhaite à assister à tout ou partie d'une réunion du conseil d'administration.