Un dossier individuel renseigné et actualisé est ouvert pour chaque personne admise. Le dossier retrace l'évolution de la personne au cours de son accompagnement. Il comporte les divers volets correspondant aux composantes thérapeutique, éducative et pédagogique du projet personnalisé d'accompagnement, notamment le projet personnalisé de scolarisation notifié par la commission des droits et de l'autonomie des personnes handicapées et le dossier établi lors de l'admission, ainsi que tous les comptes rendus de réunions ou d'intervention concernant l'enfant, l'adolescent ou le jeune adulte. Il contient les autorisations écrites demandées aux parents ou aux détenteurs de l'autorité parentale. Il fait aussi mention des faits notables intervenus dans le cadre de l'accompagnement et des suites qui leur ont été données.A l'issue de l'accompagnement, le dossier est complété par les informations qui permettront son suivi tel que prévu au deuxième alinéa de l'article D. 312-59-15.

Les certificats médicaux, les résultats des examens cliniques et complémentaires pratiqués à l'intérieur ou à l'extérieur de l'établissement ou du service figurent dans le dossier médical de l'intéressé.

Le contenu et l'usage des dossiers doivent être conformes à la législation en vigueur et notamment aux articles L. 1111-7 et L. 1111-8 du code de la santé publique.