Le haut conseil est doté d'un agent comptable nommé par arrêté conjoint du garde des sceaux, ministre de la justice, et du ministre chargé du budget.

L'agent comptable est responsable personnellement et pécuniairement dans les conditions de l'article 60 de la loi n° 63-156 du 23 février 1963 de finances pour 1963 et du décret n° 2008-228 du 5 mars 2008 relatif à la constatation et à l'apurement des débets des comptables publics et assimilés.

Il est chargé :

a) De la tenue de la comptabilité du haut conseil ;

b) Du recouvrement, auprès de la Compagnie nationale des commissaires aux comptes, du reversement des droits et contributions institué à l'article L. 821-5, ainsi que de la cotisation instituée par l'article L. 821-6-1 ;

c) Du recouvrement de toutes les autres recettes du haut conseil ;

d) Du paiement des dépenses et du maniement des fonds et des mouvements de comptes de disponibilités.

Avec l'accord du secrétaire général, l'agent comptable peut confier sous son contrôle la comptabilité analytique et la comptabilité matière aux services du haut conseil.

L'agent comptable peut nommer des mandataires qui sont agréés par le secrétaire général.