Les organismes certificateurs sont accrédités par un organisme d'accréditation signataire de l'accord multilatéral pris dans le cadre de la coordination européenne des organismes d'accréditation, sur la base de la norme NF EN 45011 applicable aux organismes procédant à la certification de produits.

L'organisme certificateur élabore pour chaque cahier des charges, en concertation avec l'organisme de défense et de gestion intéressé, le plan de contrôle prévu à l'article R. 642-39, qu'il transmet à l'Institut national de l'origine et de la qualité avec l'avis de cet organisme.

Le plan de contrôle approuvé par le conseil chargé des agréments et contrôles est adressé par l'organisme certificateur à l'organisme de défense et de gestion qui le communique aux opérateurs.

Les contrôles sont réalisés sur la base du plan de contrôle approuvé.

Les organismes certificateurs informent l'Institut national de l'origine et de la qualité de toute décision qui fait perdre à l'opérateur le droit d'utiliser le signe d'identification de la qualité et de l'origine reconnu à un produit dans les sept jours suivant la date de cette décision.

Le rapport d'activité annuel prévu à l'article R. 642-46 contient également un état récapitulatif des actions correctives demandées aux bénéficiaires de certifications et des mesures prononcées à leur encontre, ainsi que des informations économiques sur les produits certifiés, notamment les quantités déclassées dans le cadre du contrôle des signes d'identification de la qualité et de l'origine.