Le contrôle de l'Etat sur les délibérations du conseil d'administration, du comité d'action sanitaire et sociale et des assemblées générales des organismes de mutualité sociale agricole s'exerce dans les conditions prévues par les articles R. 152-2 à R. 152-6 et R. 153-4 à R. 153-7 du code de la sécurité sociale.
Les organismes de mutualité sociale agricole fonctionnent sous le contrôle de la Cour des comptes, du ministre chargé de l'agriculture, du ministre chargé de la sécurité sociale, du ministre chargé de l'économie et des finances et du ministre chargé du budget.
Le contrôle du ministre chargé de l'agriculture s'exerce par ses services d'administration centrale, notamment le service mentionné à l'article R. 155-2 du code de la sécurité sociale et par les directions régionales de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt.
Le contrôle du ministre chargé de l'économie et des finances et du ministre chargé du budget s'exerce notamment par l'intermédiaire de l'inspection générale des finances, des trésoriers-payeurs généraux, des receveurs des finances territoriaux et, à Paris, du receveur général des finances.