Les unités de recherche ainsi que les services communs sont regroupés géographiquement dans des centres de recherche.

La liste des centres est arrêtée par le président de l'institut après avis du conseil d'administration.

Chaque centre est placé sous l'autorité d'un président de centre désigné par le président de l'institut et assisté d'un conseil scientifique et d'un conseil de gestion qu'il préside.

Le président du centre est principalement chargé de l'administration du centre et de l'orientation de sa vie collective et scientifique. Il est le correspondant de l'institut avec les organismes ou autorités régionaux.

Le conseil scientifique et le conseil de gestion sont chargés respectivement d'assurer l'animation scientifique du centre et de délibérer sur les questions intéressant notamment son fonctionnement et son développement. Les modalités de désignation de leurs membres et leur organisation sont fixées par décision du président de l'institut.