Les recherches sont conduites au sein d'unités de recherche. Ces unités peuvent être regroupées en départements de recherche correspondant à des disciplines scientifiques ou à des objectifs agronomiques déterminés.

La liste des départements est arrêtée par le président de l'institut après avis du conseil scientifique. Chaque département de recherche est placé sous la responsabilité d'un chef de département nommé par le président de l'institut après avis du conseil scientifique.

Le chef de département est chargé, sous l'autorité du président de l'institut, d'animer la vie scientifique des unités qui composent le département et d'en assurer le bon fonctionnement. Il est assisté par un conseil scientifique et un conseil de gestion dont les membres sont désignés et l'organisation est fixée dans les conditions définies par le président de l'institut.