Un conseil scientifique assiste le président de l'institut.

Il est constitué de personnalités scientifiques extérieures à l'institut, de responsables scientifiques de la recherche publique, de l'enseignement supérieur, des instituts ou centres techniques et de développement du secteur agricole, des industries liées à l'agriculture ainsi que de représentants élus des chercheurs et des ingénieurs de l'institut.

Sa composition, les modalités de désignation de ses membres et les conditions de son fonctionnement sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'agriculture.