Il est dressé un procès-verbal de chacune des séances. Ce procès-verbal est adressé à chacun des membres du Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche agricole, agroalimentaire et vétérinaire.

L'organisation des élections au conseil, le secrétariat des séances et la diffusion des convocations, documents de travail et procès-verbaux sont assurés par les services du ministère de l'agriculture.

Un règlement intérieur précise les conditions de fonctionnement du conseil et de sa section permanente. Il est arrêté par le ministre de l'agriculture sur proposition du conseil.