Le conseil scientifique est composé de seize à vingt-quatre membres ainsi répartis :

a) 30 à 40 % de représentants élus des personnels. Les sièges sont attribués pour la moitié au moins à des professeurs ou à des personnes habilitées à diriger des recherches et doivent comporter, pour l'autre moitié, au moins un docteur d'université n'appartenant pas à la catégorie précédente et au moins un ingénieur, assistant-ingénieur ou technicien ;

b) Au moins un représentant élu des étudiants en formation à la recherche et par la recherche ou en formation de spécialisation ;

c) 45 à 60 % de personnalités désignées sur proposition du conseil d'administration par le ministre chargé de l'agriculture en raison de leur compétence scientifique ou professionnelle.

Le conseil scientifique élit son président parmi les membres désignés au c. Le directeur et le directeur scientifique assistent aux réunions avec voix consultative.