En cours d'année, le directeur propose, s'il y a lieu, les modifications à apporter au budget : elles donnent lieu à des décisions modificatives.

Comme le budget, les décisions modificatives doivent, avant d'être soumises à l'approbation ministérielle, être délibérées par le conseil général ou le conseil d'administration de l'établissement.

Les virements d'article à article au sein d'un même chapitre sont effectués par l'ordonnateur qui en rend compte au conseil général ou au conseil d'administration.