Le président du conseil permanent est choisi parmi les professionnels des secteurs de la production, de la transformation et du négoce et nommé pour une durée de cinq ans.

Il est assisté de deux vice-présidents désignés en son sein par le conseil permanent pour une durée de cinq ans. Le vice-président le plus âgé remplace le président en cas d'empêchement et assure son intérim.

Le président du conseil permanent représente l'institut dans tous les actes de la vie civile. Il prend toute décision concernant les actions judiciaires menées par l'Institut national de l'origine et de la qualité. Il peut déléguer ces compétences au directeur.