L'Institut national de l'origine et de la qualité est une des autorités compétentes au sens du règlement (CE) n° 882/2004 du 29 avril 2004 relatif aux contrôles officiels effectués pour s'assurer de la conformité avec la législation sur les aliments pour animaux et les denrées alimentaires et avec les dispositions législatives relatives à la santé animale et au bien-être des animaux.

Il est également une des instances de contrôle au sens de l'article 118 sexdecies du règlement (CE) n° 1234/2007 du Conseil du 22 octobre 2007 portant organisation commune des marchés dans le secteur agricole et dispositions spécifiques en ce qui concerne certains produits de ce secteur (règlement "OCM unique").