La demande d'agrément doit être accompagnée d'un dossier de présentation du fonds, d'un dossier technique et d'un dossier comptable et financier. Leur contenu est fixé par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.

Le dossier de présentation du fonds comprend notamment ses statuts, son règlement intérieur, les cahiers des charges techniques répertoriant les règles de nature à prévenir l'apparition des maladies animales ou des organismes nuisibles aux végétaux dans les exploitations agricoles et un calendrier prévisionnel de mise en place des différentes sections spécialisées.

Le dossier technique indique notamment le mode de calcul des pertes économiques indemnisables par le fonds.

Le dossier comptable et financier comporte notamment un état prévisionnel des recettes et des dépenses de la structure, incluant ses frais de fonctionnement, et le mode de gestion comptable et de présentation des comptes du fonds de mutualisation.