La vaccination contre la peste équine doit être pratiquée à l'aide de vaccins autorisés.

En fonction des circonstances épidémiologiques, météorologiques ou géographiques, le ministre chargé de l'agriculture peut saisir la Commission des Communautés européennes pour étendre l'obligation de vacciner aux équidés détenus dans le reste de la zone de protection, en application de l'article 9, paragraphe 2°, de la directive 92/35/CEE du 29 avril 1992 établissant les règles de contrôle et les mesures de lutte contre la peste équine.

Les équidés vaccinés sont identifiés par une marque claire et permanente selon la méthode agréée par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.