Les services déconcentrés de l'Etat compétents en matière d'agriculture au niveau régional sont mis, en tant que de besoin, à disposition de l'établissement pour l'exercice de ses compétences dans des conditions fixées par décret en Conseil d'Etat. Ils constituent les services territoriaux de l'établissement.

Le préfet de région est le représentant territorial de l'établissement. Des personnels de l'établissement peuvent être affectés dans les services déconcentrés de l'Etat mis à disposition. Le préfet a autorité hiérarchique sur ces personnels. Le directeur général de l'établissement peut lui déléguer sa signature.