Le médecin-conseil national, le médecin-conseil national adjoint et les praticiens conseillers techniques nationaux exercent leurs missions sous l'autorité du directeur général de la Caisse centrale de la mutualité sociale agricole dans le respect des orientations et des objectifs fixés par le conseil central d'administration de la Mutualité sociale agricole ainsi que de l'indépendance technique des praticiens.

L'échelon national du contrôle médical est placé sous la responsabilité du médecin-conseil national assisté par le médecin-conseil national adjoint. Le médecin-conseil national assure le rôle de conseiller du conseil d'administration de la Caisse centrale de la mutualité sociale agricole.

Le médecin-conseil national ou le médecin-conseil national adjoint assiste aux séances du conseil central d'administration de la Mutualité sociale agricole et des commissions ayant reçu délégation de ce conseil dans les domaines relevant de leur compétence, sauf lorsque ces conseils et commissions délibèrent sur des problèmes individuels concernant le personnel de direction. Le médecin-conseil national rend compte chaque année de son activité, dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, au conseil central d'administration ainsi qu'aux sections compétentes du conseil supérieur des prestations sociales agricoles.

En cas de vacance d'emploi, d'absence momentanée ou d'empêchement du médecin-conseil national, ses fonctions sont exercées par le médecin-conseil national adjoint.