L'agent comptable de l'assemblée est nommé par décret pris sur la proposition du ministre de l'agriculture et du ministre chargé du budget.
Sa rémunération et son cautionnement sont fixés dans les mêmes conditions.
Il est soumis aux vérifications du receveur général des finances de Paris, de l'inspection générale des finances et de la mission permanente d'inspection générale et d'audit du Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux. Il est justiciable de la Cour des comptes.