Dès la parution de l'arrêté mentionné à l'article D. 361-37, les sommes correspondantes sont virées par la Caisse centrale de réassurance, pour le compte du Fonds national de gestion des risques en agriculture au contrôleur budgétaire et comptable ministériel placé auprès du ministre chargé de l'économie pour être mises à la disposition du directeur départemental des finances publiques du département intéressé à un compte ouvert à cet effet au Trésor au nom du Fonds national de gestion des risques en agriculture. Le directeur départemental des finances publiques informe le préfet dès réception des crédits.

Le préfet arrête le montant des sommes allouées à chaque demandeur compte tenu, le cas échéant, des sommes déjà versées à titre d'acompte. Le paiement est fait par le comptable du Trésor dans le délai d'un mois après la réception des documents permettant le mandatement des indemnités allouées à chaque sinistré. En cas de métayage, la somme afférente aux dommages mentionnés au 1° de l'article D. 361-24 est versée au preneur du fonds et le bailleur est informé par le préfet.