Le Comité national de gestion des risques en agriculture se réunit sur convocation de son président ou à la demande du ministre chargé de l'agriculture. Les fonctions de secrétaire général sont assurées par un fonctionnaire du ministère chargé de l'agriculture.
Le secrétaire général organise les travaux du comité sous l'autorité du président. Il rassemble à cet effet toutes les informations utiles. Le comité est appelé à délibérer au vu des rapports présentés par le secrétaire général.
Le comité fonctionne dans les conditions prévues par les articles 5 à 15 du décret n° 2006-672 du 8 juin 2006 relatif à la création, à la composition et au fonctionnement de commissions administratives à caractère consultatif, à l'exception des articles 10 et 11.