Le préfet de région établit le programme régional au vu des propositions présentées par les préfets de département et en concertation avec les collectivités territoriales de la région.

Le préfet de région arrête, après consultation de la conférence administrative régionale, la répartition de la dotation régionale entre les divers départements. Les préfets de département prennent les décisions d'attribution correspondantes. Le préfet de région peut toutefois décider, après consultation de la conférence administrative régionale, qu'une partie de l'enveloppe sera répartie entre certaines actions du programme. Il prend alors les décisions d'attribution correspondantes.

Les commissions départementales d'orientation de l'agriculture sont consultées sur les actions des programmes qui les concernent et sont tenues informées de leur exécution.

Le préfet de région affecte une enveloppe financière aux actions de communication et d'animation d'une part, et d'autre part aux actions destinées à rechercher des exploitations susceptibles de permettre l'installation d'un jeune agriculteur.

La liquidation et le paiement des crédits sont assurés par l'Agence de services et de paiement.

Le conseil d'administration de l'Agence de services et de paiement est informé régulièrement de l'exécution des programmes régionaux et départementaux.