Les agents du Centre national pour l'aménagement des structures des exploitations agricoles effectuent chaque année un contrôle sur place d'au moins 5 % des bénéficiaires.

Si le bénéficiaire ne respecte pas un des engagements mentionnés aux a et b de l'article D. 115-5, les indemnités sont réduites. Les modalités de réduction des paiements sont déterminées par arrêté préfectoral, en fonction de l'écart entre le montant des indemnités calculé à partir des éléments déclarés par le demandeur dans sa demande et le montant calculé sur la base des éléments constatés lors des contrôles.

Si le bénéficiaire ne respecte pas un des engagements mentionnés aux c, d et e de l'article D. 115-5, les indemnités sont réduites ou supprimées. Ces réductions et suppressions, définies par arrêté préfectoral, sont proportionnées à la gravité du manquement et ne peuvent aller au-delà du remboursement de la totalité des indemnités compensatoires perçues par le bénéficiaire.

Si, pour une raison de force majeure, les engagements n'ont pas pu être respectés, les réductions et suppressions précitées ne s'appliquent pas. Les modalités de prise en compte des cas de force majeure sont définies par arrêté préfectoral.