Un arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et du budget fixe pour chaque type de zone défavorisée le montant national de référence et un arrêté préfectoral précise le montant par hectare par zone et sous-zone.

La liquidation et le paiement des indemnités compensatoires des handicaps naturels sont assurés par l'Agence de services et de paiement pour l'ensemble du territoire national, à l'exception de la Corse où ces compétences sont dévolues à l'Office du développement agricole et rural de Corse.