Le commissaire du Gouvernement peut s'opposer à toute délibération ou décision engageant l'organisme dans la mise en oeuvre des prérogatives de puissance publique ou de la mission d'intérêt public qui lui ont été confiées, et demander une seconde délibération. Il dispose à cet effet d'un délai de quinze jours. Sa demande doit être motivée. Il en rend compte au ministre chargé de l'économie.
Si, après une seconde délibération, le désaccord subsiste, le commissaire du Gouvernement peut opposer un refus motivé à cette décision.