Le commandant du bataillon de marins-pompiers de Marseille dispose du centre opérationnel des services de secours et d'incendie de Marseille (COSSIM) afin d'assurer, conformément aux dispositions de l'article 9 de la loi n° 2004-811 du 13 août 2004 :
1° La réception, le traitement des appels et la réorientation éventuelle des demandes de secours ;
2° La coordination des moyens d'incendie et de secours dans le secteur de compétence du bataillon ;
3° La coordination avec le CODIS des Bouches-du-Rhône, dans les conditions déterminées par le règlement opérationnel départemental.
Le centre opérationnel des services de secours et d'incendie du bataillon est interconnecté avec le centre de réception et de régulation des appels des unités participant au service d'aide médicale urgente, appelées SAMU, du département des Bouches-du-Rhône, ainsi qu'avec les dispositifs de réception des appels destinés aux services de police de ce département.
Pour les interventions relevant de la gestion quotidienne des secours, les relations entre le bataillon de marins-pompiers de Marseille, le SAMU des Bouches-du-Rhône et le service départemental d'incendie et de secours des Bouches-du-Rhône sont organisées par voie de conventions conclues entre le maire de Marseille, le directeur général des hôpitaux de Marseille, le président du conseil d'administration du service départemental d'incendie et de secours et le préfet des Bouches-du-Rhône.