Le Conseil national des missions locales est placé auprès du Premier ministre. Il est chargé de : 1° Formuler toutes recommandations sur les conditions de mise en œuvre par les missions locales et les permanences d'accueil, d'information et d'orientation du droit à l'accompagnement vers l'emploi et du contrat d'insertion dans la vie sociale ; 2° Délibérer sur les propositions d'orientation du programme national d'animation et d'évaluation du réseau des missions locales. Il s'appuie sur la contribution des organismes et associations œuvrant pour l'animation du réseau des missions locales au niveau régional et favorise la coordination de leurs activités.

Le conseil national constitue un lieu d'échanges et de mutualisation des bonnes pratiques développées au sein du réseau des missions locales comme dans les organismes équivalents des pays de l'Union européenne. Il peut constituer des groupes de travail auxquels peuvent collaborer des personnalités extérieures au conseil.

Le conseil national peut être consulté par le Gouvernement sur toute question relative à l'insertion sociale et professionnelle des jeunes.

Le conseil national examine, chaque année, un bilan général d'activité et formule toutes propositions sur les orientations du programme national d'animation et d'évaluation du réseau des missions locales.