L'Institut national du sport, de l'expertise et de la performance est administré par un conseil d'administration. Il comporte un conseil scientifique, médical et de formation ainsi qu'un conseil de la vie du sportif et du stagiaire.

L'Institut est dirigé par un directeur général, assisté par deux directeurs généraux adjoints, respectivement chargés d'assurer, sous son autorité, la coordination de la politique sportive et la gestion de l'établissement.

Il comprend des directions, des départements, des unités, des services et des missions créées dans les conditions fixées à l'article R. 211-6.

Les responsables des directions, des départements, des unités, des services et des missions sont nommés par le directeur général dans les conditions fixées par le règlement intérieur.