Le ministre chargé des affaires sociales, sur proposition des ministres dont relèvent les organismes demandeurs, procède à l'habilitation qui est subordonnée à la signature de la convention mentionnée à l'article R. 227-17.
Les propositions d'habilitation des ministres dont relèvent les organismes demandeurs devront prendre en compte notamment la mission d'intérêt général poursuivie, l'absence de but lucratif, la capacité financière de l'organisme ainsi que les possibilités d'encadrement des objecteurs de conscience.
L'habilitation peut être retirée si l'organisme ne remplit plus les conditions ayant présidé à son agrément ou s'il ne respecte pas ses obligations.