Le Centre des monuments nationaux est soumis au régime financier et comptable défini par les textes généraux applicables aux établissements publics nationaux à caractère administratif, et notamment les articles 14 à 25 du décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et les articles 151 à 189 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique. L'établissement est soumis au contrôle financier institué par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat. Les attributions du membre du corps du contrôle général économique et financier et les modalités d'exercice de son contrôle sont fixées, en tant que de besoin, par arrêté conjoint du ministre chargé de la culture et du ministre chargé du budget. L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la culture et du ministre chargé du budget. Des agents comptables secondaires peuvent être nommés, dans les mêmes conditions, sur proposition de l'agent comptable.

Les ressources de l'établissement comprennent notamment : 1° Le produit des droits d'entrée et de visites-conférences dans les monuments, sites ou collections mentionnés au deuxième alinéa de l'article L. 141-1 et à l'article R. 141-3R. 141-3 ainsi que dans les monuments historiques appartenant à l'Etat et affectés au ministère chargé de la culture, et les recettes perçues à l'occasion d'expositions permanentes ou temporaires et de manifestations artistiques ou culturelles ; 2° Le produit des droits de prises de vue et de tournages, dans les conditions prévues par les lois de finances du 31 décembre 1921 et n° 70-1199 du 21 décembre 1970 ; 3° Le produit des opérations commerciales de l'établissement et, de façon générale, toutes autres recettes provenant de l'exercice de ses activités ; 4° Le produit des concessions et des occupations du domaine des monuments nationaux ou qu'il est chargé de gérer en application de l'article R. 141-3 ainsi que le produit des redevances domaniales perçues par l'Etat en application de l'article L. 2124-31 du code général de la propriété des personnes publiques ; 5° Le produit de la taxe de circulation et de stationnement dans le domaine national de Saint-Cloud instituée par le règlement interministériel des 29 janvier et 14 mars 1921 et, de façon générale, le produit des taxes affectées par l'Etat ; 6° La rémunération des services rendus ; 7° Les produits financiers résultant du placement de ses fonds ; 8° Les revenus des biens meubles et immeubles ; 9° Le produit des participations ; 10° Le produit des aliénations ; 11° Les subventions et dotations de l'Etat, des collectivités territoriales et de tout organisme public ou privé, et les recettes de mécénat ; 12° Les dons et legs.

Les dépenses de l'établissement comprennent : 1° Les frais de personnel de l'établissement ; 2° Les frais de fonctionnement ; 3° Les dépenses d'acquisition des biens culturels mentionnés à l'article R. 141-8 ; 4° Les dépenses liées aux équipements, aux travaux d'aménagement, d'entretien et de restauration ; 5° La rémunération de l'agent comptable et, le cas échéant, des agents comptables secondaires ; 6° Les sommes versées à l'Etat par voie de fonds de concours, dans les conditions définies par arrêté conjoint du ministre chargé de la culture et du ministre chargé du budget ; 7° Les dépenses de toute nature liées aux immeubles dont l'établissement public est propriétaire ; 8° D'une façon générale, toutes dépenses nécessaires à l'activité de l'établissement.

Le Centre des monuments nationaux est autorisé à placer ses fonds disponibles dans les conditions fixées par le ministre chargé du budget.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.