Le ministre chargé du budget nomme, après que le président du Gouvernement du territoire en a été informé, le comptable du territoire. Celui-ci est un comptable direct du Trésor ayant la qualité de comptable principal.

Les fonctions de comptable de l'Etat dans le territoire et celles de comptable du territoire ne peuvent être exercées par une même personne.

Les comptables de la Polynésie française, des communes et de leurs établissements publics prêtent serment devant la chambre territoriale des comptes.