Le niveau central de l'administration pénitentiaire est constitué par la direction de l'administration pénitentiaire au ministère de la justice.
Les services déconcentrés de l'administration pénitentiaire sont répartis en directions interrégionales.
Conformément aux dispositions du décret n° 60-516 du 2 juin 1960, le territoire métropolitain est divisé en neuf régions pénitentiaires dont les sièges et les circonscriptions sont respectivement désignés ci-après :
Bordeaux-Charente, Charente-Maritime, Corrèze, Creuse, Dordogne, Gironde, Landes, Lot-et-Garonne, Pyrénées-Atlantiques, Deux-Sèvres, Vienne, Haute-Vienne.
Centre-Est-Dijon.-Ardennes, Aube, Cher, Côte-d'Or, Eure-et-Loir, Indre, Indre-et-Loire, Loir-et-Cher, Loiret, Marne, Haute-Marne, Nièvre, Saône-et-Loire, Yonne.
Lille-Aisne, Eure, Nord, Oise, Pas-de-Calais, Seine-Maritime, Somme.
Lyon-Ain, Allier, Ardèche, Cantal, Drôme, Isère, Loire, Haute-Loire, Puy-de-Dôme, Rhône, Savoie, Haute-Savoie.
Marseille-Alpes-de-Haute-Provence, Hautes-Alpes, Alpes-Maritimes, Bouches-du-Rhône, Haute-Corse, Corse-du-Sud, Var, Vaucluse.
Paris.-Paris, Seine-et-Marne, Yvelines, Essonne, Hauts-de-Seine, Seine-Saint-Denis, Val-de-Marne, Val-d'Oise.
Rennes-Calvados, Côtes-d'Armor, Finistère, Ille-et-Vilaine, Loire-Atlantique, Maine-et-Loire, Manche, Mayenne, Morbihan, Orne, Sarthe, Vendée.
Est-Strasbourg.-Doubs, Jura, Meurthe-et-Moselle, Meuse, Moselle, Bas-Rhin, Haut-Rhin, Haute-Saône, Vosges, Territoire de Belfort.
Toulouse-Ariège, Aude, Aveyron, Gard, Haute-Garonne, Gers, Hérault, Lot, Lozère, Hautes-Pyrénées, Pyrénées-Orientales, Tarn, Tarn-et-Garonne.
Une mission des services pénitentiaires de l'outre-mer, confiée à un directeur interrégional des services pénitentiaires, a compétence sur les établissements et services pénitentiaires des départements d'outre-mer, du territoire de la Polynésie française et de la Nouvelle-Calédonie ainsi que de Saint-Pierre-et-Miquelon et de Mayotte.