Les centres sont placés sous la responsabilité conjointe, chacun dans son domaine de compétence, d'un directeur des services pénitentiaires et d'un directeur d'établissement public de santé.

Le directeur des services pénitentiaires assure les missions de sécurité, de surveillance, de maintien de l'ordre, de greffe, d'hébergement et d'organisation de la vie quotidienne des personnes retenues. Il tient compte des prescriptions ou contre-indications médicales liées à l'état d'une personne retenue ainsi que de tout autre élément de nature à le renseigner sur sa situation. Les personnels placés sous son autorité relèvent de l'administration pénitentiaire et demeurent soumis à leur statut particulier.

Le directeur d'établissement public de santé organise la prise en charge médicale et psychologique des personnes retenues. Il peut passer des conventions avec un ou plusieurs établissements publics de santé afin qu'une prise en charge sanitaire et psychologique permanente soit assurée aux personnes retenues.

Le directeur des services pénitentiaires et le directeur d'établissement public de santé organisent conjointement la prise en charge pluridisciplinaire, dont la prise en charge socio-éducative, des personnes retenues destinée à permettre leur sortie du centre.

Le directeur des services pénitentiaires peut autoriser, sur proposition ou après avis favorable du directeur d'établissement public de santé, des intervenants extérieurs spécialisés à prendre part aux activités proposées ou à assister les personnes retenues dont la situation personnelle justifie une prise en charge spécifique, en particulier dans le domaine médico-social.A ce titre, des travailleurs sociaux peuvent être chargés d'aider les personnes retenues, notamment dans l'exercice de leurs droits sociaux, le maintien de leurs liens familiaux et leurs démarches de réinsertion.