L'habilitation peut être suspendue par le directeur interrégional des services pénitentiaires pour les praticiens hospitaliers à temps plein, ou par le chef de l'établissement pénitentiaire pour les autres personnels hospitaliers, en cas de manquements graves aux dispositions du code de procédure pénale ou du règlement intérieur. Le directeur de l'établissement de santé doit en être préalablement informé.
L'autorité qui a délivré l'habilitation rend, dans le mois suivant la suspension, une décision motivée de maintien ou de retrait de l'habilitation, après avoir recueilli les observations de la personne habilitée et l'avis de l'autorité investie du pouvoir de nomination.