Les opérations financières et comptables de l'établissement sont effectuées conformément aux dispositions des décrets n° 53-1227 du 10 décembre 1953 et n° 62-1587 du 29 décembre 1962. Les opérations réalisées en application du 1° du I de l'article R. 767-2 sont retracées par l'agent comptable, au vu de pièces justificatives récapitulatives. Le centre conserve les pièces justificatives de ces opérations et procède avec les échelons nationaux des organismes français de sécurité sociale à des ajustements financiers périodiques.
Le centre est soumis au contrôle financier de l'Etat dans les conditions prévues par le décret du 25 octobre 1935. Un arrêté conjoint des ministres chargés du budget, de la sécurité sociale et de l'agriculture fixe les modalités particulières d'exercice de ce contrôle.
Les recettes du centre comprennent, notamment :
1° Les contributions annuelles supportées par les régimes français visés au dernier alinéa de l'article L. 767-1 dont la clé de répartition, calculée au prorata des charges de gestion imputables aux opérations effectuées par le centre au titre des personnes relevant de chaque régime, est fixée par un arrêté conjoint des ministres chargés de la sécurité sociale, de l'agriculture et du budget.
2° Les participations de la Communauté européenne ainsi que toutes subventions liées aux missions du centre ;
3° Les frais de traduction versés par les organismes français de protection sociale ne participant pas au financement du budget du centre ;
4° Les dons, legs et libéralités.
Les dépenses du centre comprennent les frais de personnel, et les charges de fonctionnement et d'équipement.
Pour l'application des dispositions du 1° de l'article R. 767-2, le centre des liaisons européennes et internationales de sécurité sociale est doté d'un fonds exclusivement destiné à des opérations de trésorerie courante et constitué par une contribution des divers régimes de sécurité sociale en fonction de l'intérêt que chacun d'eux a dans les opérations mentionnées au 1° dudit article. Un arrêté conjoint du ministre chargé de la sécurité sociale, du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé du budget fixe le montant de ce fonds et les modalités de sa répartition.