Les opérations financières et comptables de l'établissement sont effectuées conformément aux dispositions des décrets n° 53-1227 du 10 décembre 1953 et n° 62-1587 du 29 décembre 1962. Les opérations réalisées en application du 1° du I de l'article R. 767-2 sont retracées par l'agent comptable, au vu de pièces justificatives récapitulatives. Le centre conserve les pièces justificatives de ces opérations et procède avec les échelons nationaux des organismes français de sécurité sociale à des ajustements financiers périodiques.

Le centre est soumis au contrôle financier de l'Etat dans les conditions prévues par le décret du 25 octobre 1935. Un arrêté conjoint des ministres chargés du budget, de la sécurité sociale et de l'agriculture fixe les modalités particulières d'exercice de ce contrôle.