Pour compenser la charge financière entraînée par le versement d'acomptes par la caisse centralisatrice des paiements pour le compte des caisses gestionnaires, les régimes d'assurance maladie auxquels appartiennent ces dernières versent au régime de la caisse centralisatrice des paiements une rémunération calculée en fonction du montant des acomptes versés et du délai moyen constaté entre le versement des acomptes et le paiement des sommes correspondant aux prises en charge.

Des conventions entre les différents régimes obligatoires d'assurance maladie fixent les modalités de calcul de cette rémunération et, notamment, le taux d'intérêt appliqué. Ces conventions peuvent prévoir que ce taux est majoré pour les régimes pour lesquels le délai moyen de paiement dépasse une limite qu'elles fixent. A défaut de convention, les modalités de cette rémunération sont fixées par un arrêté des ministres chargés de la santé, de la sécurité sociale et du budget.