Le secrétaire général de la Cour nationale de l'incapacité et de la tarification de l'assurance des accidents du travail est assisté de deux secrétaires généraux adjoints, dont l'un pour la section compétente pour la législation agricole.

Le secrétaire général est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés respectivement de la sécurité sociale et de l'agriculture ; peut être nommé secrétaire général un fonctionnaire de catégorie A ou un agent contractuel de niveau équivalent.

Les secrétaires généraux adjoints sont nommés par arrêté du ministre intéressé ; ils sont choisis parmi les fonctionnaires de catégorie A ou B.

Le secrétaire général et les secrétaires généraux adjoints prêtent, au moment de leur nomination, devant le tribunal de grande instance dans le ressort duquel la juridiction a son siège, le serment de bien et loyalement remplir leurs fonctions et de ne rien révéler ou utiliser de ce qui sera porté à leur connaissance à l'occasion de leur exercice.