L'agent comptable est chargé de la comptabilité générale. Il peut vérifier l'exactitude des comptes individuels dont la tenue incombe aux services techniques.

L'agent comptable est également chargé de la comptabilité auxiliaire des comptes cotisants. L'agent comptable tient la comptabilité analytique d'exploitation lorsque celle-ci est prévue par la réglementation.

Il peut également être chargé de la comptabilité matières. Dans le cas où il ne serait pas chargé de la comptabilité matières, celle-ci est néanmoins tenue sous sa surveillance. Le matériel et le mobilier, hors fournitures consommables, font l'objet d'un inventaire dressé par le directeur et d'un état de l'actif détenu par le comptable.

L'inventaire et l'état de l'actif doivent être concordants. Ils sont périodiquement vérifiés pour constater les destructions par usure, obsolescence ou toute autre cause. Le directeur est responsable de la reconnaissance physique des immobilisations corporelles. Les destructions ou sorties de matériel doivent faire l'objet de pièces justificatives référençant l'immobilisation et le numéro d'inventaire remis par le directeur à l'agent comptable pour permettre la mise à jour de l'état de l'actif.